【迁移】使用metacell进行分群聚类
预处理 12345678910111213141516171819202122232425262728293031f_QC_plot <- function(sce){ options(repr.plot.width = 12, repr.plot.height = 6) print(Seurat::VlnPlot(sce, features = c("nFe
【迁移】使用FindTransferAnchors对样本进行预注释
处理参考样本 12345678910111213ref_sce <- readRDS('~/upload/zl_liu/data/pca.rds')ref_sce <- subset(ref_sce, group == 'CRPC')table(ref_sce@meta.data$cell_type_fig3)g2m_genes <- Se
【迁移】使用SCTransform标准化
安装包 conda create -n seurat -c conda-forge r-seurat=4.1.1 -y conda activate seurat conda install -c conda-forge r-tidyverse -y conda install -c conda-forge r-irkernel -y Rscript -e “IRkernel::installs
【迁移】使用Bootstrap法计算自举置信区间
计算药物LD50用Bliss法最严谨，而改良寇氏法计算的结果误差也不大，因此做了一次改良寇氏法计算LD50的实验。最后需要计算一下结果的可信区间，于是来试试万能的Bootstrap法 安装包（这个例子用不上） conda activate MICE conda install -c conda-forge r-boot=1.3_28 -y 构造样本 组别 剂量 mg/kg 动物数 死亡数
【迁移】cellranger定量：One Library, Multiple Flowcells
重命名R1、R2 原始数据质控 重命名前 ├── SRR12391722 │ ├── SRR12391722_1.fastq.gz │ └── SRR12391722_2.fastq.gz ├── SRR12391723 │ ├── SRR12391723_1.fastq.gz │ └── SRR12391723_2.fastq.gz ├── SRR12391724 │ ├── SRR1239
【迁移】从ENI数据库下载fastq文件
从 ENI 数据库下载 进入ENA Browser，搜索对应的GSE号，进入study项目，选择TSV格式的Download report。 从TSV表格中提取下载链接，一行一个写入url.txt，前面加上ftp://，接着使用wget -c -i url.txt下载 批量重命名脚本： 1234ls *.fastq.gz | cut -d '_' -f 1 | while r
【迁移】使用 JTK_CYCLE 算法分析生物节律
JTK是一种非参数检测程序，能从芯片数据中检测循环转录本。除了计算每个转录本最佳的相位(LAG)、振幅(AMP)和周期(PER)外，JTK还计算了置换检验P值(ADJ.P)和Benjamini-Hochberg q值 (BH.Q)。与常规的周期检测算法相比，JTK具有更好的检验效能、更高的计算效率和更强的鲁棒性。R语言的metacycle包实现了ARSER、JTK_CYCLE、Lomb-Scarg
【迁移】R解决导出PDF时的字体问题
安装包 conda activate clusterprofiler conda install -c conda-forge r-sysfonts -y conda install -c conda-forge r-showtext -y 绘图 1234567sysfonts::font_add("Arial Narrow", "~/font/Arial Nar